Come funziona il test Covid che in poche ore ti dice quale variante hai preso

Come faccio a sapere quale variante Covid ho preso? E soprattutto, quali sono i test che riconoscono se l’infezione è causata da uno dei nuovi ceppi Omicron altamente trasmissibili? Con la nuova recrudescenza della pandemia, anche in Italia sono in tanti a chiedersi quale tipo di test è attualmente in grado di rilevare le varianti e, soprattutto, se questi test sono a disposizione del pubblico oppure se, come in realtà accade, vengono effettuati solo in centri specializzati. Nel nostro Paese, questo tipo di test, in gergo chiamato sequenziamento, è infatti effettuato sotto il coordinamento dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS) in determinati laboratori di genetica molecolare abilitati ad eseguire attività di diagnostica in condizioni di biosicurezza, il che rende il sequenziamento non aperto a tutti e lascia il nostro Paese a volumi ancora lontani dai livelli di altri Paesi, come Regno Unito, Danimarca e Germania.

Diversa la situazione negli Stati Uniti, e più precisamente in Texas, dove un team di ricerca del UT Southwestern Medical Center guidato dal patologo Jeffrey So Relle ha sviluppato un nuovo tipo di test rapido in grado di riconoscere le diverse varianti di Sars-Cov-2 per cui è già stata presentata domanda di brevetto. Il test, chiamato CoVarScan, può determinare in poche ore quali varianti stanno circolando nella comunità e, come spiegato dal dottor So Relle, è in grado di rilevare l’emergere di nuove varianti. “Ha anche implicazioni per i singoli pazienti, quando abbiamo a che fare con varianti che rispondono in modo diverso ai trattamenti” ha precisato il patologo.

Come funziona il test rapido che riconosce le varianti Covid

Rispetto al sequenziamento tradizionale, che determina l’esatta composizione del genoma del virus attraverso l’analisi dell’intero genoma (“che richiede tempo e denaro” precisa So Relle) basandosi su apparecchiature e analisi sofisticate per precisare l’intera sequenza di RNA contenuta nei virus, il test CoVarScan si concentra su otto specifiche regioni del genoma di Sars-Cov-2 che comunemente differiscono tra le varianti virali. In particolare, il nuovo test rileva piccole mutazioni e misura la lunghezza delle regioni genetiche ripetitive che tendono a crescere e ridursi man mano che il virus si evolve. Il metodo, spiegano gli sviluppatori, si basa sulla reazione a catena della polimerasi (PCR), una tecnica comune nella maggior parte dei laboratori di patologia, per copiare e misurare l'RNA in questi otto siti di interesse, a partire dai campioni prelevati con i comuni tamponi nasali.

Per testare il funzionamento di CoVarScan, il team del dottor So Relle ha eseguito il test su oltre 4.000 campioni di tamponi nasali positivi raccolti presso l’UT Southwestern da aprile 2021 a febbraio 2022, da pazienti con e senza sintomi. I test sono stati convalidati con il sequenziamento dell’intero genoma virale, ritenuto il gold standard al quale ogni altro tipo di test deve rapportarsi per avere validità, con una sensibilità del 96% e una specificità del 99%, come riportato nello studio pubblicato sulla rivista scientifica Clinical Chemistry.

Il test, nello specifico, ha identificato e differenziato le varianti Delta, Mu, Lambda e Omicron, inclusa sottovariante BA.2, inizialmente soprannominata “stealth Omicron” da alcuni ricercatori perché “invisibile” al solo test molecolare.

“Una critica comune a questo tipo di test è che richiede un adeguamento costante per le nuove varianti, ma CoVarScan non ha avuto bisogno di alcun adeguamento (con l’emergere di nuovi lignaggi, ndr) in più di un anno – ha aggiunto il dottor So Relle – . Il test sta ancora funzionando molto bene ma, se in futuro avessimo bisogno di adattarlo, potremmo facilmente aggiungere fino a 20 o 30 hotspot aggiuntivi al test”.

Come detto, il dottor So Relle prevede di continuare a sviluppare CoVarScan come test commerciale e ha una domanda di brevetto in sospeso basata su questo lavoro.